สปน.ได้ยื่นคำร้องขอเพิกถอนคำวินิจฉัยของคณะอนุญาโตตุลาการต่อศาลปกครอง ในคดีหมายเลขดำที่ 476/2547 ในประเด็นที่มีคำวินิจฉัย มีการระบุให้แก้ไขในสัญญาร่วมการงาน เรียกร้องให้ศาลปกครองกลาง พิจารณาเพิกถอนคำสั่งของคณะอนุญาโตตุลาการดังกล่าว ซึ่งถือเป็นการดำเนินการที่ผิดเจตนารมณ์ และ สปน.ระบุว่า อนุญาโตตุลาการวินิจฉัยเกินขอบเขตอำนาจ

เมื่อวันที่ 9 พฤษภาคม พ.ศ. 2549 ศาลปกครองกลางมีคำพิพากษา ให้เพิกถอนคำสั่งของอนุญาโตตุลาการ ที่ชี้ขาดให้ สปน. ลดค่าสัมปทานให้สถานีฯ และให้ สปน. จ่ายค่าชดเชยให้บริษัทฯ

จากคำพิพากษาดังกล่าว ส่งผลให้ สถานีฯ ต้องจ่ายค่าสัมปทาน ปีละ 1,000 ล้านบาท เช่นเดิม และ ต้องปรับสัดส่วน รายการข่าวและสาระ ต่อรายการบันเทิง กลับไปเป็น ร้อยละ 70 ต่อ 30 นอกจากนี้ บริษัทฯ ยังต้องเสียค่าปรับ จากการผิดสัญญาสัมปทาน จากการเปลี่ยนแปลงผังรายการ ที่ไม่เป็นไปตามสัญญาสัมปทาน คิดเป็นร้อยละ 10 ของค่าสัมปทานในแต่ละปี โดยคิดเป็นรายวัน วันละ 100 ล้านบาท นับตั้งแต่ เริ่มมีการปรับผังรายการ รวมระยะเวลา 2 ปี เป็นค่าปรับทั้งสิ้น ประมาณ 9.4 หมื่นล้านบาท

โดยศาลปกครองกลาง ได้ให้เหตุผลประกอบคำพิพากษาว่า การที่อนุญาโตตุลาการ ชี้ขาดให้ลดค่าสัมปทาน มีผลกระทบต่อประโยชน์สาธารณะ และเป็นการแก้ไขสัญญาสัมปทานของรัฐ ซึ่งอยู่นอกเหนืออำนาจของอนุญาโตตุลาการ บริษัทฯ จึงได้ยื่นอุทธรณ์ คำพิพากษาศาลปกครองกลาง ต่อศาลปกครองสูงสุด

ต่อมา ในวันที่ 13 ธันวาคม พ.ศ. 2549 ศาลปกครองสูงสุด พิพากษายืน ตามคำตัดสินของศาลปกครองกลาง ส่งผลให้ บริษัทฯ ยังต้องจ่ายค่าสัมปทาน ปีละ 1,000 ล้านบาท เช่นเดิม และ สถานีฯ ต้องปรับผังรายการ ตามสัดส่วนเดิม โดยปรับใช้ในวันรุ่งขึ้นทันที เพื่อจะได้ไม่ต้องเสียค่าปรับเพิ่ม ในกรณีที่ตกลงกันไม่ได้

ส่วนราคาหุ้น ITV เมื่อศาลปกครองสูงสุดมีคำพิพากษา นักลงทุนก็ขายหุ้นออกมาเป็นจำนวนมาก ด้านราคาก็ลดลงอย่างหนัก จนกระทั่ง ลงไปอยู่ใน จุดต่ำสุด (New Low) นับแต่เข้ามาซื้อขายในตลาดฯ ที่ 1.98 บาทซึ่งเป็นราคาพื้น (Floor Price) หลังจากนั้น ได้มีผู้ซื้อกลับมาเล็กน้อย ส่งผลให้ราคาปิดตลาดฯ สูงขึ้นมาอีกเล็กน้อย ที่ 2.06 บาท แต่ก็เป็นราคาที่ลดลง จากราคาปิดตลาดวันก่อนหน้า ร้อยละ 26.4

วันที่ 14 ธันวาคม 2549 นายจุลยุทธ หิรัณยะวสิต ปลัดสำนักนายกรัฐมนตรี เปิดแถลงข่าว เรียกให้ ไอทีวี ชำระค่าสัมปทานที่ค้างอยู่ทั้งสิ้น 2,210 ล้านบาท พร้อมดอกเบี้ย 15% เป็นจำนวนเงินรวม 464.5 ล้านบาท มาชำระให้ สปน.ภายใน 45 วัน และให้ชำระค่าปรับกรณีทำผิดสัญญาเรื่องผังรายการ อีกกว่า 97,760 ล้านบาท จากนั้นมีการต่อเวลาเรียกชำระมาอีก 30 วัน (สิ้นสุด วันที่ 6 มีนาคม พ.ศ. 2550)